南京腦科醫院，又名南京醫科大學附屬腦科醫院，江蘇省精神衛生中心，始建于1947年，是我國最早的國立腦醫學專科醫院。南京市胸科醫院始建于1950年，具有胸部疾病診療專科特色。2018年6月26日，南京市整合南京腦科醫院與南京市胸科醫院資源，成為新的南京腦科醫院，一院兩區。

目前醫院擁有員工近2200人，床位近2000張，有精神科、神經內科、神經外科、呼吸科、胸外科、心血管內科、兒童心理衛生研究中心、醫學心理科、老年醫學科、康復醫學科等42個臨床科室，承擔著南京市、江蘇省乃至全國神經、精神、胸部疾病的醫療、康復、預防、教學、科研和司法鑒定等任務，同時承擔著相關政府指令性工作及突發應急事件的心理救援等處置任務，在國家重大城市任務和突發公共衛生事件處置中發揮社會維穩作用。

醫院現為國家精神區域醫療中心創建單位，世界衛生組織（WHO）兒童心理衛生科研培訓合作中心（亞太地區唯一的在中國設立的科研與培訓合作中心），南京醫科大學、南京大學、東南大學博士學位培養點，博士后科研工作站。醫院整體實力位于全國前列，其中精神科為首批國家臨床重點專科，在2021年度復旦中國醫院排行榜中，精神醫學位列專科綜合排行榜第7名、專科聲譽排行榜第6名。